मान लीजिए कि एक प्रोटीन की एमाइड-रीढ़ (एमाइड बैकबोन) में महत्वपूर्ण भूमिका नहीं निभाती है, तो प्रोटीन में जो अमीनों अम्ल को प्रभावकारी रूप से पहचान सकती है, वह है

संकल्पना:

प्रोटीन में विशिष्ट अमीनो अम्ल होते हैं जो विभिन्न अणुओं या आयनों के साथ संपर्क करते हैं। इस स्थिति में, हम HPO₄²⁻ को पहचानने पर ध्यान केंद्रित कर रहे हैं, जो एक फॉस्फेट आयन है। यह संपर्क आमतौर पर स्थिरविद्युत अंतःक्रियाओं और हाइड्रोजन बंध के माध्यम से होता है। इसमें शामिल अमीनो अम्ल में फॉस्फेट जैसे ऋणावेशित आयनों को पहचानने में सक्षम कार्यात्मक समूह होने चाहिए।

• स्थिरविद्युत अंतःक्रियाएं: धनावेशित अमीनो अम्ल ऋणावेशित फॉस्फेट आयनों के साथ संपर्क कर सकते हैं। ये अंतःक्रिया फॉस्फेट बंध में महत्वपूर्ण हैं, जहां एक धनावेशित पार्श्व श्रृखंला अंत:क्रिया को स्थिर करेगा।

• हाइड्रोजन बंध: हाइड्रोजन-बंध-दान करने की क्षमता वाले अमीनो अम्ल फॉस्फेट समूह में ऑक्सीजन परमाणुओं के साथ संपर्क कर सकते हैं, जिससे अंत:क्रिया और स्थिर हो जाता है। हाइड्रोजन बंध दान करने या स्वीकार करने में सक्षम क्रियात्मक समूह इस अंत:क्रिया के लिए महत्वपूर्ण हैं।

• पार्श्व श्रृखंला कार्यक्षमताएँ: लाइसिन (Lys) और आर्जिनिन (Arg) जैसे अमीनो अम्ल में धनावेशित पार्श्व श्रृखंला होती हैं जो फॉस्फेट जैसे ऋणावेशित समूहों के साथ अंत:क्रिया करने के लिए आदर्श होते हैं क्योंकि उनके प्रोटॉनित एमीन समूह होते हैं।

व्याख्या:

• आर्जिनिन (Arg) (विकल्प 3) वह अमीनो अम्ल है जो HPO₄²⁻ को प्रभावी ढंग से पहचान सकता है। आर्जिनिन में एक धनावेशित ग्वानिडिनियम समूह होता है, जो ऋणावेशित फॉस्फेट समूह के साथ स्थिरविद्युत अंतःक्रिया कर सकता है। इसके अतिरिक्त, यह फॉस्फेट समूह के ऑक्सीजन परमाणुओं के साथ हाइड्रोजन बंध बना सकता है, जिससे बंध स्थिर हो जाता है।

• दिखाए गए अन्य अमीनो अम्ल (जैसे ट्रिप्टोफैन और हिस्टिडीन) इस अंतःक्रिया के लिए कम उपयुक्त हैं क्योंकि उनके पास प्रबल धनावेशित पार्श्व श्रृखंला नहीं हैं जो फॉस्फेट पहचान के लिए आदर्श हैं।

निष्कर्ष:

वह अमीनो अम्ल जो HPO₄²⁻ को प्रभावी ढंग से पहचान सकता है, आर्जिनिन (Arg) (विकल्प 3) है, जिसमें एक धनावेशित पार्श्व श्रृखंला होती है जो फॉस्फेट आयन के साथ स्थिरविद्युत अंतःक्रिया और हाइड्रोजन बंध बनाती है।